Першыя футбольныя каманды ў Наваполацку зьявіліся яшчэ ў 1959 годзе, якія прадстаўлялі трэст №16 «Нафтабуд». Аднак, калі пачаў сваю працу пабудаваны нафтапераапрацоўчы завод, клюб прадпрыемства «Нафтавік» пачаў браць удзел у абланых спаборніцтвах. Да клюбу адрызу прыйшлі посьпехі, то бок, атрымаўшы перамогу ў фінале ў гульні супраць віцебскага «Станкабудаўніку», клюб стаў уладальнікам Кубка Віцебскай вобласьці. На той момант асноўны склад клюбу будаваўся на арэнбурцах, працаўніках Орскага ПНЗ, які прыяжджалі ў Наваполацак паводле пераводу на працу.
У 1965 годзе «Нафтавік» стаўся ўладальнікам Кубак БССР. На шляху да перамогі, былі пасьлядоўна пераадолены магілёўскі «Мэталюрг», зборная Петрыкава й берасьцейскі «Лякаматыў». Аднак у першынстве БССР значных пасьпехаў клюб ня зьведаў. З 1965 па 1974 гады каманда праводзіла ў першым і другім дывізіёнах. У 1966 годзе клюб быў зьняты са спаборніцтваў з-за адсутнасьці турнірнай пэрспэктывы, а сэзоны 1969 і 1970 гадоў і наогул прапусьціў. У 1974 годзе «Нафтавік» узяў свой апошні ўдзел у чэмпіянаце БССР.
У сярэдзіне 1980-х гадоў адбылося адраджэньне клюбу, што сталася заслугай працаўнікоў на прыстасаваньнях комплексу па вытворчасьці вадкіх парафінаў. Новы клюб атрымаў назву «Парэкс». Аднак, як і «Нафтавік», клюб меў аматарскі статус. Празь некалькі гадоў станаўленьня клюбу была вернута папярэдняя назва, такім чынам клюб зноўку быў вернуты ў розыгрышы нацыянальных спаборніцтваў. У 1989 годзе «Нафтавік» атрымаў бронзавыя мэдалі абласнога першынства, на наступны год клюб дамогся другога месца ў абласным спаборніцтве. У 1991 годзе клюб атрымаў назву «Нафтан», і адразу стаўся пераможцам турніру прафзьвязаў БССР. У 1992—1996 гадох каманда, атрымліваючы фінансавую падтрымку з боку нафтапераапрацоўчага заводу, канчаткова атрымала прафэсійны статус.
У 2003 годзе Леанід Падліпскі быў абраны старшынём наваполацкага клюбу. У 2004 годзе ён запрасіў Вячаслава Акшаева на пасаду галоўнага трэнэра. У 2004 годзе наваполацкія футбалісты занялі 10 месца, але ў наступныя сэзоне вынікі паляпшаліся. У 2005 годзе клюб узяў сабе новую назву «Нафтан», якія і дасюль выкарыстоўваецца клюбам. У 2007 годзе ачоліў клюб Ігар Кавалевіч, які да таго працаваў быў з дублюючым складам каманды. Паводле вынікаў сэзону 2009 году «Нафтан» узьняўся на выніковае 4 месца. У тым жа годзе паўночнікі здабылі Кубак Беларусі, перагуляўшы ў дадатковы час у фінальным матчы на менскім стадыёне Дынама салігорскі «Шахцёр» зь лікам 2:1. Пераможны гол улучыў у браму салігорцаў Дзьмітры Верхаўцоў. Дзякуючы гэтаму, навапалачане атрымалі права дэбтаваць у эўракубках. Паводле лёсаваньня ў розыгрышу Лігі Эўропы 2009—2010 гадоў супернікам беларускаму клюбу выпала быць бэльгійскаму «Генту». У хатнім матчы, які аднак ладзіўся ў Віцебску празь неадпаведнасьць наваполацкага стадыёну стандартам УЭФА, «Нафтан» здабыў перамогу зь мінімальным лікам 2:1. Абодва голы запісаў на свой рахунак Аляксандар Дзегцяроў. Матч у адказ скончыўся паразай 1:0, і толькі праз перавагу ў колькасьці здабытых галоў у гасьцёх бэльгійцы рушылі далей. У 2012 годзе «Нафтан» зноўку здабыў кубак краіны, гэтым разам у фінале на тым жа стадыёне Дынама выгуляўшы «Менск» у сэрыі пэнальці. Асноўны час скончыўся зь лікам 2:2. Галы на свой рахунак запісалі Алег Шкабара і Фёдар Чарных. У наступных сэзонах вынікі клюбу пачалі пагаршацца, гэтак у сэзоне 2016 году «Нафтан» скончыў на 13 месца, а праз год заняў апошні радок і выбыў з найвышэйшай лігі.
Вярнуцца ў элітны дывізіён навапалачане доўгі час ня былі здольныя. Клюб звычайна лічыўся сярэдняком першай лігі. У 2020 годзе шэраг гульцоў каманды былі выкрытыя ва ўдзеле ў дамоўленых матчах яшчэ ў 2017—2018 гадах[1]. Усё зьмянілася калі перад пачаткам сэзону 2022 году «Нафтан» запрасіў да сябе дасьведчаных гульцоў з матчамі ў найвышэйшай лізе на сваім рахунку, як то Цярэнція Луцэвіча, Артура Каца, Дзьмітра Ігнаценка і Юрыя Казлова. Апошні зь іх поруч з футбалістам петрыкаўскага «Шахцёра» Максімам Кавалевічам стаў найлепшым бамбардзірам розыгрышу першай лігі, зарабіўшы 13 галоў.
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
