КлубКлюб быў заснаваны 15 траўня 1910 году, аднак сапраўды самастойнай каманда стала ў 1924 годзе, калі адкалолася ад спартовага таварыства «Hamburg-St. Pauli Turnverein 1862» («Гімнастычнае таварыства Гамбург-Санкт-Паўлі 1862»). Непасрэдна да 1945 году «Піраты» ўяўлялі «каманду-ліфт», якая са зьменным посьпехам выступала, то ў першай, то ў другой лігах. Чыньнікам такой нестабільнасьці была адсутнасьць трэнэра. Першыя два сэзоны пасьля канчатка вайны (1945/1946 і 1946/1947) клюб правёў у Гарадзкой лізе Гамбургу. Наступныя 16 сэзонаў — па 1963 год выступалі ў дывізіёне «[[Обэрліга]] Норд». З 1963 па 1974 год — у Рэгіянальлізе Норд, з 1974 па 1977 год — у новаўтворанай Другой Бундэсьлізе Норд. У сэзоне 1977/1978 каманда выйшла ў Першую Бундэсьлігу, але заняла 18 месца, і зноў панізілася ў клясе. Пасьля дэбютнага сэзону, каманда яшчэ 6 разоў выступала ў эліце, самы працяглы пэрыяд — з 1988 па 1991 год. Самае «важкае» дасягненьне — 10 месца ў сэзоне 1988/1989.
У 2006 годзе Санкт-Паўлі ў [[Кубак Нямеччыны па футболе|Кубку Нямеччыны]] дашлі да паўфіналу. У 2007 годзе вярнуліся ў другі дывізіён, дзе правялі два сэзоны, і, па выніках сэзону 2009/2010 ізноў забясьпечылі сабе пуцёўку ў эліту нямецкага футболу.
