Ён быў заснаваны курфюрстам Рупрэхтам I з дазваленьня рымскага папы [[Урбан VI|УрбанаЎрбана VI]] у 1386 годзе, каб даць яго разрозьненым валадарствам, Пфальцу на Райне, цэнтру духоўнага жыцьця, прыцягнуць замежнікаў і выхоўваць царкоўных дзеячаў і дзяржаўных чыноўнікаў ва ўласнай краіне. Падаплёкай утварэньня ўнівэрсытэту стаў Вялікі заходні раскол каталіцкай царквы: выпускнікі [[Сарбона|Сарбоны]], якія падпарадкоўваліся Авіньёнскаму папу [[Клімэнт VII|Клімэнту VII]], не маглі служыць у цэрквах Пфальцу, што кіраваліся папам рымскім, таму ўзьнікла патрэба ва ўласнай тэалягічнай адукацыі. Першыя прафэсары ў [[Гайдэльбэрг]] прыехалі з [[Парыж]]у і [[Прага|Прагі]]. Рэктарам-заснавальнікам унівэрсытэту стаў [[Марсыліюс Інгенскі]], прыхільнік наміналізму; наміналізм доўгі час выкладаўся ва ўнівэрсытэце ў выключным парадку.
На момант заснаваньня ён стаў чацьвертым па старшынстве пасьля [[Балёнскі ўнівэрсытэт|Балёнскага]], [[Праскі ўнівэрсытэт|Праскага]] і [[Венскі ўнівэрсытэт|Венскага ўнівэрсытэтаў]] на тэрыторыі Сьвятой Рымскай імпэрыі і першым унівэрсытэтам на тэрыторыі сучаснай Нямеччыны.