На вокладцы першых двух тамоў энцыкляпэдыі змяшчаласязьмяшчалася ваявавыява старажытнага беларускага гербу [[Пагоня]], аднак пачынаючы з трэцяга тому ([[1996]]) яе прыбралі. Беларускі гісторык [[Генадзь Сагановіч|Г. Сагановіч]] тлумачыць гэта зьяўленьнем палітычнай цэнзуры ў афіцыйнай беларускай гістарыяграфіі. У гэты ж час новы намесьнік галоўнага рэдактара выдавецтва «Беларуская Энцыкляпэдыя» [[Пётар Петрыкаў]] выступіў з жорсткай крытыкай ранейшага кіраўніцтва энцыкляпэдыі, сьцьвярджаючы, што галоўнай адметнасьцю першых тамоў «Энцыкляпэдыі гісторыі Беларусі» быў ''«ярка выражаны антырусізм, а ў многіх выпадках зацятая русафобія»''.<ref>Петрыкаў П. Туман русафобіі ахутаў Беларускую Энцыклапедыю // [[Беларуская думка]]. 1996. № 3.</ref> Прывёўшы ў прыклад некаторыя артыкулы, напісаныя супрацоўнікамі Інстытуту гісторыі, П. Петрыкаў абвінаваціў гэтую ўстанову ў тым, што яна ажыцьцяўляе ''«татальную фальсіфікацыюфальсыфікацыю»'' гісторыі. Беспадстаўны і палітычны характар падобных закідаў паказалі дырэктар Інстытуту гісторыі [[Міхаіл Касьцюк]]<ref>[[Міхаіл Касьцюк|Касцюк М.]] Палітызаваная гісторыя не можа быць сапраўднай навукай // [[Голас Радзімы]]. 1996, 8 жніўня.</ref> і ягоны намесьнік [[Міхаіл Біч]]<ref>[[Міхась Біч|Біч М.]] Туман дылетанцтва і тэндэнцыйнасці // [[Голас Радзімы]]. 1996, 12 верасня.</ref>, якія ўступілі ў палеміку зь Петрыкавым.
Пры новых кіраўніках выдавецтва «Беларуская Энцыкляпэдыя» канцэпцыя чарговых тамоў «Энцыкляпэдыі гісторыі Беларусі» на хаду мянялася, і нават падрыхтаваныя да друку артыкулы вярталіся на цэнзуру. П. Петрыкаў, напрыклад, паўсюль выкрэсьліваў слова «русіфікацыя», не прапускаў ніякай крытыкі ў бок Расеі ды савецкай улады і г. д. Праз грубае ўмяшаньне ў тэксты многія гісторыкі (у прыватнасьці, [[Валянтына Вяргей]], [[Андрэй Кіштымаў]], [[Уладзімер Конан]], [[Мікола Крывальцэвіч]], [[Генадзь Сагановіч]] і інш.) адмовіліся ад далейшага супрацоўніцтва з выдавецтвам і забралі адтуль свае артыкулы.<ref>[[Генадзь Сагановіч]]. [http://arche.bymedia.net/2001-3/sahan301.html Вайна з беларускай гісторыяй] // [[ARCHE]] № 3 (17) — 2001</ref>
